与此同时，江都东城的骁果卫营地中已经是火光冲天，两万多参与兵变的骁果卫将士手打火把，将半边天际映得通红，火光之明亮，以至于就连正在宫城里柱杖游览的隋炀帝都看得清清楚楚，也一度疑心城中有变，赶紧找来正在宫内的虎贲郎将询问情况。
“禀陛下，是城内草舍失火，城中军民正在救火，很快就能扑灭，请陛下放心。”回答隋炀帝问话的当值虎贲郎将是裴虔通，隋炀帝相信了他的解释，没有再做理会。
火光迅速向着皇城和宫城逼近，值守皇城的元礼和值守宫城裴虔通早已密令皇城与宫城各门今夜不得上锁，各道城门都是轻轻一推就能打开，手打火把的骁果卫将士人人面色严峻，心里几乎都只有一个念头，“让暴君退位，拥立新皇帝，带着新皇帝回家！”
司马德戡和宇文智及联手指挥的叛军迅速控制了城内各个路口，禁止所有人通行。察觉到情况不妙，隋炀帝长孙燕王杨倓在梁公萧钜与千牛备身宇文皛等人的保护下，从芳林门旁边的水闸处进了皇城，来到玄武门外请求立即觐见隋炀帝，结果却被裴虔通的部下迅速擒拿，堵住了嘴巴捆到了隐蔽处看押。
与此同时，虞世基也终于下定了决心，同意裴蕴的建议矫诏召城外驻军入城护驾，然而这么做已经太晚了，还没等他们把假诏书写好，骁果卫叛军就已经在元礼的接应下进入了皇城，并且迅速了各大要害咽喉。见此情景，裴蕴也只能是仰天长叹，“虞世基啊，我找你商量大事，真是找错了人啊！”虞世基全身汗出如浆，颤抖着不敢回驳。
宫城内同样有着裴虔通接应，之前对杨倓等人紧闭的玄武门对叛军大开，叛军长驱直入，裴虔通还直接给叛军带路去擒拿隋炀帝。也是到了这个时候，正在与宠妃魏氏等人饮酒的隋炀帝才终于发现情况不妙，赶紧起身西逃，同时派人去联络来护儿和独孤盛等心腹将领，命令他们率军入宫平叛。
隋炀帝的旨意不仅没能送出宫外，正在成德殿值守的独孤盛率殿内兵阻拦叛军间，还迅速被人多势众的叛军乱刀砍死。千牛独孤开远率领数百殿兵四处寻找隋炀帝，企图保护他离开宫城暂避刀兵，却因为隋炀帝自行藏匿不知所踪，还有魏氏等人故意错指隋炀帝的逃亡方向，始终寻找隋炀帝不见，导致独孤开远身边的士兵军心慌张，逐渐逃亡，最后没用叛军动手，独孤开远这支最后忠于隋炀帝的军队就自行的土崩瓦解。
司宫魏氏等人再一次出卖了隋炀帝，向叛军指出了隋炀帝真正离去的方向，以骁果卫校尉令狐行达为首的叛军士兵率先找到了隋炀帝藏身的永巷，原本隋炀帝藏身在隐蔽处令狐行达等人很难发现他，但已经彻底丧失人心的隋炀帝再遭出卖，有宫内美人指出了隋炀帝的藏身地，令狐行达提刀上前，掀开帘子时，果然看到隋炀帝藏身在帘后。
生死攸关的时刻，往日的精明与威严气度重新回到了隋炀帝的身上，面对着气势汹汹的令狐行达等人，隋炀帝大声喝道：“汝等想要弑君？”
积威仍在，隋炀帝的大喝让令狐行达等人不由自主的后退了一步，然后令狐行达还向隋炀帝稽首行礼，说道：“臣等不敢，臣等只是因为麾下将士想要返回关中老家，想请陛下降诏，率领文武百官返回关中大兴。”
抱着最后一线希望，隋炀帝点了点头，说道：“好，朕答应你们，去敲响景阳钟，让百官入宫召开朝会，朕下诏返乡。”
赶到现场的叛军士兵越来越多，看到隋炀帝已在掌握之中，叛军士兵的欢呼声音也逐渐四起，原本令狐行达也已经答应派人去敲响景阳钟了，可是消息送到了宇文化及兄弟面前后，已经紧张得全身冷汗湿透的宇文化及却福至心灵，大吼道：“别上当，他是想和百官见面，让那些人救他，把他押进寝宫，严密看守！给我看紧了！”
宇文化及的命令在这个时刻异常有用，同样是紧张万分的叛军将士下意识的无条件执行，立即就半请半抬的强迫隋炀帝返回寝宫，同时隋炀帝的幼子杨杲也被叛军士卒抓获，同样押到了寝宫和隋炀帝一起关押。裴虔通、令狐行达、孟秉和马文举等叛军首领各执刀剑，严密看押，不许隋炀帝离开龙床一步。
宫城各要害接连落入叛军手中，以独孤开远为代表的忠于隋炀帝的侍卫不是被杀，就是被迫放下武器投降，同时外面的皇城也是一样的情况，人多势众的叛军控制了皇城诸门，断绝皇城的内外交通，另一名叛军重将唐奉义则牢牢守住外城诸门，不给外军进城的机会，进展出乎意料的顺利。而到了天色微明时，皇宫内外已然尽数落入叛军掌握之中，宇文化及兄弟这才率领着一帮子叛军首领来到寝宫，与隋炀帝见面。
君臣重逢异常尴尬，胆小怯懦的宇文化及都不敢和隋炀帝对视，倒是命悬人手的隋炀帝在这一刻十分冷静，搂着哭泣不止的幼子杨杲镇定说道：“化及，听说你是这件事的首领，朕有何罪？你为何要如此？”
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