李军如果只占领南京附近地区恐怕难以坚守，所以还必须趁着满清没有回过神来迅速扩大战果，因此军事改革也就只能边打边改。
至于马逢知的部队西征，李存真并不看好。一来，马逢知部属于老式部队，短时间内根本不可能让军法官和宣教官到位，战斗力难有大幅度提升，而且该部数量只有两万七千人，去硬撼湖广绿营怕是困难。
李存真盘算，如果老马拿不下湖广总督张长庚，那么就等军改结束之后，由他亲自率领近卫军，再汇合夔东明军东西夹击，襄阳一股可下。
现在让马进宝西征也可以以攻为守，为军改争取时间，再说了，万一张长庚突然中风或者昏招连连，谁能保证马进宝没有一点机会？也可以由此试探湖广实力，打了败仗也可以迷惑湖广清军。
“曹海涛、武达摩！”李存真喊道。
“末将在！”
“我命你二人率领海军援助马进宝和王金玉二位将军。军改就在此次西征的路上进行。”
“是！”
在一系列的会议中除了产生各军的主官外，张煌言成了大法官主管司法也就是刑部，陈显祖负责工坊和税收也就是户部，李茂之负责官吏的考核和任免也就是吏部，常琨负责情报和外交也就是礼部，关盛年和杨添秀则负责军事改革的相关工作，并且兼管俘虏的改造。关盛年凭借长相就能让俘虏的绿营兵心服口服，这算是兵部。工部则被一分为二，曹海涛原来的手下曹四负责码头和船只建造，张一鸣则负责陆上的攻城和兵器、铠甲、火枪制造。
此外还设置了许多其他的部门。首先就是学部，又叫做教育部由钱谦益负责，三品，这正发挥了他的长处。但是兴办学校，开设武学的事情还是掌握在李存真手里。“重用”钱谦益其实就是一个姿态，让天下的读书人和旧官僚看看李存真的态度，希望他们能够和海国公合作。
第二个便是卫生部，由名医张安和他的弟子夏也舒负责，用来培养医生，这一次科举，医学算是科学科，也在科举的行列里。
自从姜诚在解救马逢知的过程中偶然拿住了孙长青，搞清楚了孙舒叛变的事实之后，夏也舒颇感觉自己抬不起头来，特别是自己曾经钟情于孙舒，更是怕大家看不起。因此这半年来很少在大家面前出现。只是带着自己的师妹和徒弟给人看病。
李存真从来没有明白了说喜欢她，可是夏也舒就是不好意思。如果见了李存真，这个海盗头子突然要她“进宫”，她不知道该怎么办才好。所以一直躲着李存真。
尽管夏也舒没有来开会，李存真仍然给了她一个五品医官的位置，这也算高位了，也算是向众人宣示女子也可以做官。不仅可以做武官，也可以做文官。
第三便是文艺部，这个部门由河东君柳如是负责，七品。以海国公的名义，广纳戏班子，说书人，用来宣传明军的英勇事迹和满清统治的野蛮黑暗。文艺部其实就是李存真的宣传工具。
此时，钱谦益和柳如是还没到，但是相关工作已经展开了。
李存真要求所有人不能再称呼头目、头领或者老大、大哥什么的，要把团伙文化完全抛弃。所有人一律以官职、爵位或者军衔相称。如果实在没有的官职、爵位和军衔，则称呼先生、阁下或者尊架。任何士兵严禁自称大爷、兵爷、老子，违令者打军棍。
李存真则自称元首海国公。在自己的爵位海国公前特意加上“元首”二字，以便彰显权力和殊荣。
由于张煌言等人并不知道后世的事情，所以对元首二字并没有表示反对。海盗们认为元首其实就是大头领的文雅提法，全都欣然接受。就这样，元首海国公诞生了。
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