一路风平浪静，所有关卡都乖乖的开门投降，士兵缴械，官员交出关防大印献降，当地倭民全部接受大唐统治，留下一队人马临时管理治安，直到驻防军和相关官员抵达之后再行撤退回军队。
于是乎就在这之后十五天，大军抵达了倭国国都，在所有人都没有接到通报的前提下，倭国国都大门打开，大唐军队正大光明的进入了倭国国都，守城诸将也都是贵族们的心腹家人，接到了密报之后瞒着倭王打开城门，他们都知道，只有倭王不知道，于是大唐军队开始全面接管倭国国都之后，倭王才终于知道了他的国家已经被灭，唐军已经掌管了这座都城的方方面面，所有的贵族和军队都背叛了他。
苏我入鹿已经死了，被当作贵族们投降大唐给的赏赐，被他们集体杀死，接着，在唐军控制了倭国国都之后，苏我氏在国都的府邸和领地被倭国贵族们率领各自的私兵联合进攻，养病中的苏我虾夷极端惊骇，连忙召集自己的帮手准备反扑，可是结果却是自己的“帮手”反戈一击，并且出示了苏我入鹿的头颅。
苏我虾夷在极度的绝望中自焚而死，苏我氏势力覆灭，碰巧就在同一日，大唐海军精锐一万兵马登陆倭岛，从苏我氏封地的关东平原处开始登陆，一路所向披靡，将苏我氏封地彻底捣毁，苏我氏族人男子被杀女子被擒，全部都被看管起来，苏我氏势力彻底覆灭，伴随着倭国的覆灭，一起化为尘土。
严格来说，征倭战役至此结束，贞观十一年五月二十八，倭国覆灭，倭王正式投降，被大唐军队将整个王族拘捕起来，第一批运回长安城，接着，秦琼坐镇倭国国都，开始进行倭国官员和贵族将军们的转移行动，按照投降之前约定的，这些贵族将军和官员们除了自己的家臣和细软之外什么都不能带走，全部留下来，然后集体前往大唐，安排新的住处给他们。
苏定方率领一万兵马负责清扫周围的一些山贼和不愿投降的倭人，他们的反抗还是挺麻烦的，苏宁带着两万兵马继续前进，往如今的倭国还没有控制的本州岛其余的三分之一地区和更北边的如今的北海道地区发起进攻，那里距离美洲大陆更近，更适合开发起来作为海船的中转站，正好把那些倭国奴隶拿过来建设这里。
一切都在慢慢的进行着，与此同时，六万驻扎军也基本到位，开始按照路线一个一个的接手被征伐军所占据的关卡和城镇，随后，已经在国内做好倭国领土上的州县划分，整个倭国的四个岛屿被划为一个州，名为倭州，分为二十八县，州刺史和二十八县相关官员已经抵达，都是些精明强干的官员，作为新开拓的领地，并不能让刚刚通过科举考试的人来做主官，一些其他的职位还是可以试试的。
倭这个字在很长一段时间内并没有贬义，之所以使用这个字，是因为最早和倭国有过官方来往的王朝就是曹魏王朝，当时的魏明帝曹睿给倭国人起了这样一个名字，本意是友好的人，从七世纪后期以后，倭国对外宣布修正国名，日本二字遂开始使用，不过这个时空内，日本二字是不会成为他们的国名了，也不会再有这个国，倭州是永远的代号。
贞观十一年六月初七，倭州第一任刺史魏叔玉正式宣读了李二陛下的圣旨，以秦琼、苏宁、苏定方、薛仁贵等诸将功高，宣布战争结束后尽快回长安接受封赏云云，具体怎么说没有明言，好生抚慰一番就是了。
贞观十一年六月二十九日，苏宁率军回师，时间有限，苏宁只把北海道的沿海地区攻了下来，驱逐了土著，剩下的进攻任务就交给了率领常备守卫军一万人赶到的其他将军，他自己率领军队回师抵达倭国国都，接受了李二陛下的圣旨，然后和此次东征诸将一起商议什么时候回去的事宜。
魏叔玉就是魏征的长子，作为政法大学第一期毕业生，参加科举考试获得了头名，被授予吐蕃高原上寒州敬县县令之职，苦熬三年，熬出了政绩，正巧此时倭国覆灭，倭州建立，李二陛下寻求年轻力壮精力充沛且有丰富经验的刺史人选，魏叔玉从五十多个候选者中脱颖而出，据说魏征很高兴，为此还大醉了一场。
此番魏叔玉来此，不仅要担任倭州建设之重任，还有倭州驻防军六万人的调兵之权，集军政大权于一身，可谓是职责重大，要防止倭人复叛，要防止官员贪污渎职等等，李二陛下看起来很看好魏叔玉。
东征诸将也齐聚一堂，商量着全功之后回师的事情，此番东征有陆军有海军，所以就商量着先以海军运送陆军抵达新罗高句丽故地，再来一次巡防以巩固大唐军队的权威，查看各地的建设和稳定程度等等，接着绕一个远道，从来时去，回味一下一路打过来的艰辛。
至于海军，则在运送陆军抵达对岸陆地之后回到北海港口，有功之臣前往长安，其他的各回各自的港口，张亮的东海海军也要回去港口待命，等到陆军抵达之后，一起前往长安城受赏。
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