御前会议结束，崇祯单独留下杨嗣昌密谈，特别强调一件要紧事：张献忠曾经惊扰祖陵，决不可赦，其余人等可以剿抚互用。随后赏赐他精美黄金一百锭、大红苎丝衣料四套、斗牛衣一袭、赏功银四万两等，并且拨发剿饷五十万两。显示了在皇帝心目中，这个督师大臣非同一般的特殊地位。
杨嗣昌进宫向皇帝辞行。皇帝特别关照光禄寺在平台设宴，为他饯行。崇祯亲自为他斟酒，命左右大臣向他敬酒三巡。随后，在音乐伴奏声中，崇祯从太监手中取出他亲笔所写的七言诗，说：“辅臣督师，事不常有，今写数字赐卿。”
杨嗣昌跪下接过，朗诵道：盐梅今暂作干城，上将威严细柳营。
一扫寇氛从此靖，还期教养遂民生。崇祯听他念罢，笑道：“朕为卿赠行。”他的这首诗巧妙地借用典故，“盐梅”源于《尚书》，用来赞美为国效力的宰相；“细柳营”借用汉文帝时的将军周亚夫的典故，比喻军纪严明，把他对杨嗣昌的倚重心情流露得恰到好处，预祝这位盐梅上将、督师辅臣马到成功。杨嗣昌心潮起伏，激动不已，边哭边拜。
“盐梅今暂作干城”，杨嗣昌肩负皇帝的重托，踏上督师的征途，抵达襄阳，进入原先熊文灿的行辕。随即举行誓师典礼，总督太监刘元斌、湖广巡抚方孔燳、总兵左良玉、陈洪范等出席，杨嗣昌传达皇帝的谕旨，告诫将士：身受国恩，担当灭贼，诛赏必行。杨嗣昌素有口才，加上督师辅臣与御赐尚方宝剑的威严，令与会者大惊失色。会上杨嗣昌宣布了各地守将的职责，四面围剿张献忠。
杨嗣昌对左良玉寄予厚望，看作一张王牌，在离京前已经向皇帝提出加封他为“平贼将军”，十月初五日再次上疏重申此事，请求把“平贼将军印”颁发给左良玉，使他得以挂印行事，统一指挥各部。
左良玉果然没有让杨嗣昌失望，在四川太平县的玛瑙山打了一个大胜仗。张献忠落荒而逃，遁入兴安、平利山中。左良玉乘胜追击，歼灭他的精锐部队三千五百人，其中包括大头目扫地王曹威、前营将领白虎宗霍、中营将领邓天王张守安等，生擒张献忠的妻妾高氏、敖氏与军师潘独鳌等，缴获张献忠金印一枚、张献忠使用的镂金龙棒一根、镀金大刀一柄。
崇祯接到杨嗣昌的报告，对这位督师辅臣初战告捷非常高兴，立即召见刚刚由宣大总督提升为兵部尚书的陈新甲，要他嘉奖前方将领，并且特地拨发白银五万两、锦帛一千匹犒赏三军将士。为了奖励此次玛瑙山大捷的头号功臣左良玉，他决定赐予他“太子少保”荣誉头衔。他似乎意犹未尽，又给远在千里之外的督师辅臣杨嗣昌发去亲笔手谕，赏赐给他内库银一万两、斗牛服一袭、鞍马二份，还特别抒发了离别之后对他的思念之情：
卿自昨年九月初六日辞朝至今，半载有余矣！无日不悬朕念，与行间将士劳苦倍尝，而须发尽白，深轸朕怀。又闻卿调度周密，赏罚严明，深慰朕平寇安民之意。
字里行间流露出对杨嗣昌的特殊感情，连“须发尽白”这类细节，也挂念在心。令杨嗣昌感动不已，如不拼死在疆场，将无以为报了。
杨嗣昌无论如何没有料到，玛瑙山大捷之后，他再也没有打过像样的胜仗。原因当然很复杂，其中重要的一条就是，他这位“督师辅臣”竟然成为矛盾的焦点，与下属以及封疆大吏的关系没有协调好。最为失策的是，与英勇善战的左良玉关系搞僵。
张献忠在玛瑙山落荒而逃时，左良玉在后面紧追不舍，情急之际，张献忠心生一计，派亲信马元利带了礼物去游说左良玉，劝他不必苦苦相逼，离间他和杨嗣昌的关系。对他说：杨阁部之所以看重你，是因为有张献忠存在，你为什么不好好想一想，你一向听任部下肆意抢掠，杨阁部对你有所猜疑，如果张献忠不存在了，那么你的死期也不远了。这些话说得有理有据、合情合理，左良玉听得心动，就网开一面，故意放张献忠率领残部逃去，使得他有时间在山中招集溃散士兵，重整旗鼓。左良玉在竹山一带作壁上观，按兵不动，向杨嗣昌佯称有病，不便行军。
左良玉在竹山托病，还有另外一个原因，那就是杨阁部对他将信将疑，令他失望。杨嗣昌原先积极向皇帝保荐左良玉为“平贼将军”，后来看到左良玉飞扬跋扈，难以控制，而陕西将领贺人龙也是骁勇善战的帅才，于是向兵部尚书陈新甲提议，用贺人龙代替左良玉为“平贼将军”。很快，得到了皇帝的批准，杨嗣昌却反悔了，他唯恐此举引起左良玉反感，何况贺人龙的兵力与战绩都无法与左良玉相比，很难取而代之。于是向皇帝请求收回成命，仍用左良玉为“平贼将军”。如此优柔寡断，出尔反尔，结果两面不讨好，失去了左、贺两员大帅的信赖。
左良玉因为“平贼将军”印被夺，感到惭愧；贺人龙因为“平贼将军”印得而复失，感到不满、怨恨。此后，两人互相推诿，不再深入前线，以致张献忠得以重整旗鼓，都是杨嗣昌失去二帅之心导致的结果。
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