除了设立甲长乡正以外，任思齐同样对府县官职进行了改革，在以往，一个县只有县令县丞主薄数个有品级的官员，其他办事人员都为吏员，官吏分离的制度导致吏员根本没有上升的空间，干得再好也没有升官的可能，所以专依贪污捞钱为能。而官员一任三年，任满就会转迁，往往还未等熟悉县里政务就被调走，这样也造成了地方政务把持在吏员之手。
任思齐决定在崇明体制内改变这一切，首先就是把各曹司吏之类都提升为有品级的官员，称主事，品级从从九品一直到从七品。并且干得好了可以继续上升，升为县令知府都有可能。所有人都有上升的空间和可能，这种制度当然要比官吏分离好得多。
任命好各级官员之后，崇明岛的一切才算安定下来，以后移民的组织安置等一切事宜都有专人负责，不需要任思齐再多操心。
专业的事情交给专业的人去做，那些跟随而来的扬州吏员们即使贪婪一些，就行政能力而言也比任思齐原来的手下强得多。
带领百姓修建家园，围着滩涂开荒，出海打渔，等等都有了专门的人去干。岛上的芦苇无边无际，只要收割下来编制，再以木棍为桩，就可以搭建一个简单的窝棚，不惧夏天的风雨。从扬州运来的大量生活物资以家庭为单位分发了下去，很快岛上处处炊烟，新出现了数百处村庄。
这一个月来，梁九带人除了建造一座新城以外，还修筑了两条拦江堤坝，使得潮水再也不能直接冲击到岛内，造成沙岛的坍塌。另外就是修建了几处庞大的砖窑，专门用于烧制建房用的砖瓦。不过目前产量有限，暂时还满足不了岛上的需求。
新成立了崇明府后，梁九被任命为崇明工曹主事，正七品官员，全面负责岛上的工程营建工作。梁九正规划着开掘数道人工河流，把长江水引入岛屿之内，如此一是方便用船只运输物质，再就是可以用来灌溉耕田。
在移民安置工作步入正规之后，任思齐开始重新进行编组军队。
扬州之战中，岱山军虽然取得了很大胜利，死在扬州城下的八旗兵绿营兵加起来也有三四万，可是岱山军本身损失很大。一万步兵几乎损失过半，活着回到崇明岛的五千余人，其中还有数百人受了重伤即使以后痊愈也不能再上战场。这些不得不从军队退下的人，任思齐给他们都安排了出路，就是在各乡中出任乡尉，负责协助乡正缉拿盗匪维护地方治安。
新兵的募集，任思齐决定采用义务兵制度，每一个十八到四十的成年男子都必须当兵。跟随上岛的百姓有近二十万人，其中适龄男子也有三四万人，任思齐当然不可能把所有男子都编入军队，而是规定每户至少要有一人从军。其他男子则编为乡兵，每月训练数日，平日种地做工，当有外地入侵时则全部招入军队，保卫崇明。平日的训练可由乡尉负责，由官府每月拨出一定经费。
经过了数日的统计征募之后，新招募了一万五千新兵，和原有的五千老兵混合，重新编制出一支两万人的步兵。
军队编制还是按照原来的小旗、总旗、队、营编制。全军分为四镇，在晋玉飞任兴凡一镇二镇的基础上新增了两镇，镇将分别有新加入的刘肇基马应魁担任。这二人当总兵副将多年，论领兵经验来说远胜其他人。二人原来的部下全部被打乱整编。
第一镇为近卫镇，镇将晋玉飞，四个营正分别为熊二、李行久、汤尼、德意志人邓肯。
第二镇镇将任兴凡，手下四个营官分别是陈名扬、杨斌、李鼎、李秃子担任。杨斌是岱山军的枪术教头，被提拔起来名正言顺。李鼎是青州李士元的儿子，作战非常勇敢。李秃子是原来占据胶州的柯永胜部下，因手刃柯永胜立下功绩当了总旗，一路提拔起来也成了营正。
第三镇镇将刘肇基，手下四个营官分别是沙千里、任秋里、罗少新和邓万木。罗邓二人都是刘肇基原来的部属。
第四镇镇将马应魁，手下四个营官分别是任保全、何彬、张弛、林光头。任保全是任思齐堂兄，何彬是吕宋回来的汉人，张弛和林光头则都是原来福春号上的老弟兄。
在军队中同样设立监军，队设队监，营设营监，镇设镇监。监军不干预部队的指挥训练作战，只是负责平时生活后勤奖惩事宜，和军队主官平级。是任思齐借鉴了后世的政委制，如此能保证军队完全忠于自己。
第一镇的监军由任丽坤担任，第二镇监军任学堂，第三镇监军陈生，第四镇监军马良。从这个任命来看有着浓重的任家军色彩，除了马良是招募自胶州的读书人以外，陈生是来自吕宋的老兄弟，其他两个都是任思齐的族亲。至于营队的监军，则多数由征募自胶东的读书人担任。当初刚入岱山时，为了得到较高的薪酬，很多读书人选择了加入军队并且通过了训练。岱山军之所以战斗力形成的这么快，这些人功不可没。
重建四镇步军的同时，任思齐也对水军进行了整编。
同样建立了四镇水军，人数共三万人，除了原有的一万水军以外，把自镇江新募的船夫都整合了进来。
为了和步军以示区别，水军镇将成为统领。
第一镇水军统领茅十八，掌控着“公主号”“飞鱼号”三十多艘三桅海船以及二百多艘平底沙船，手下水兵一万多人，驻地崇明，负责崇明岛的守卫及与清军水师的作战。
第二镇水军统领司马南，属下三桅海船三十多艘，手下士兵两千余人，专门负责对外贸易。
第三镇水军统领奥利尔，驻地岱山，属下三桅海船三十余艘，二桅海船单桅海船一百多艘，属下士兵五千，负责着岱山金塘岛岑港等地的防御。
第四镇水军统领薛雨来，驻地崇明，属下江船千余艘，士兵一万三千余人，他属下的战船都是用于内河作战的江船，负责一是往来运送人员货物，再就是协助茅十八进行作战。人数船只虽多，战斗力却是最差的一镇。
这样算下来，整编了足有五万军队，可惜若论战斗力的话，还是只有其中的一万余老兵具备一定的战斗力。
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