不久，郑成功得知了厦门遭袭击的讯息，他没办法不得已班师回厦门。收复厦门后，郑成功追究起责任，将怯战以逃的叔父郑芝莞斩首。而放走马得功的郑鸿逵则交出兵权、自请退隐东石镇白沙，不再过问政事。同年农历五月，郑鸿逵麾下大将施琅因叛变事泄擅自处决郑成功部将曾德，郑成功以此为由欲诛施琅全家。施琅虽在友人帮助下逃脱，但父亲、胞弟均被处死。从此，施琅与郑成功结下大仇，决定再度降清。
郑氏集团的内部不稳，让郑氏集团实力大损，不过也有一点好处，就是郑成功通过收拾自己的几个叔叔，终于完全的掌握住军队。至此，郑成功在陈永华等文臣，谢永常、刘国轩、杨祖、周全斌等武将的辅佐下，终于在厦门和金门占稳了脚跟。
郑成功在站稳脚跟后第一件事就要找个主子，毕竟现在明朝还占有南方几个省。可是郑成功环顾周围，除了广东的朱宏三竟然没有一个可以拥立的皇帝。得益于朱宏三的黑心肠，隆武皇帝朱聿键皇位还没坐热，就被南下的清军消灭，朱聿键也跳悬崖而死。浙东的鲁王朱以海，被楚王朱宏三连哄再骗弄到广州，然后死的不明不白。
其实按照地缘位置，郑成功应该拥立朱宏三，毕竟近水楼台。可是已经成为军阀的郑成功心思已经不一样了，那里能放弃自己到手的权利。他需要的是一个像汉献帝那样的君主，而不是朱宏三这样实力比自己还大的皇帝。
所以郑成功在考虑再三后，决定派人去广西，给山高皇帝远的朱由榔送去拥立文书。
凭空得到数十万大军，并且还在心腹大敌朱宏三的眼皮下，朱由榔当然高兴，直接给郑成功一个澄海公的名头，同时命令他攻打广东。
朱由榔的圣旨传到福建后，郑成功自然拿皇帝的命令当放屁，给官职收下，但是让我去送死免谈。郑成功以自己刚结束大战为由，婉拒了皇帝的军令，朱由榔虽然有些不高兴，但是山高皇帝远，广西距离福建远隔千里，没办法只有将在外君命不受了！
接下来的朱宏三在广东称帝，朱宏三忙着对付吕宋的西班牙人和发展工业，对近在福建的郑成功并没有什么举动。不过朱宏三手下的那些商人因为利益驱使，和郑成功多有往来，给他运去了紧缺的食盐和粮食。朱宏三打着反清统一战线的主意，对手下这种资敌的行为也就睁一眼闭一眼。
不过这种好日子随着福建和江西的反正到头了，朱宏三在神武元年亲征攻占了南京，立刻声威大震，同时新任福建巡抚袁彭年接到皇帝的命令后，也开始准备对盘踞在厦门、金门的郑成功动手。
郑成功现在完全成了孤魂野鬼，大陆上因为神武朝廷的不合作，已经根本得不到补给。自己虽然水军实力强过福建水师，但是要知道就在长江口，广东海军那十几艘大海船可停在那，如果福建这边有需要完全在半月之内就能赶回来。
和不是，打不是，留也不是，看来只有走了。郑成功在和自己手下商量几日后，决定听取陈永华的建议，全军起锚去台湾。
神武二年二月，被朱宏三逼的没有退路的郑成功，率领众将士在金门“祭天”“礼地”“祭江”，举行隆重的誓师仪式。一切准备就绪，船舰将士集结于料罗湾，候风进发。二十三日，郑成功亲率将士两万五千人、战船三百艘自金门料罗湾出发，向东挺进。
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