太平军的几大重兵集团分别是新建的江北军、西南军、中南军、及江浙驻防部队。
江北军四镇编制，分别是齐豪的第一镇、朱庆来的第二镇、尚可远的第三镇、邵成国的骑兵第二镇。这四镇分别由原先的第一、第二、第三镇一部及第十三镇、十五镇，骑兵第一镇一部改编而来，总兵力41250人。军团都指挥使是葛义。
西南军也是四个镇的编制，分别是王有喜的第四镇，卢光祖从安南带回的远征军第二镇，王兴的第十镇，新建广西狼兵第三镇。总兵力39500人，军团都指挥是邵九公。
中南军也就是现在由湖南巡抚赵四海节制的湖南野战军团，军团包括郭登第的第九镇和原湘西剿匪军的四个镇。原先湖南野战军团的主力是铁毅的第二镇，不过第二镇后来被抽调顺江下游参加了江北大战，所以湖南野战军团这五个镇战斗力在三大军团中是最低的。好在湖南方面这两年没有战事压力，随着贵州被西南军占领，湖南方面更是太平无事。
除了这三大重兵集团外，周士相手中还有苏纳的第六镇，由原浙江清军和马逢知部改编的两个镇、恢复补充后的第五镇、铁毅的第二镇、安徽巡抚蒋和手里新建的两镇、朱统的第八镇，胡启立的第七镇、王辅臣的骑兵第一镇，牛根生的十二镇、耿仲德的十四镇、甘辉的十六镇，韩朝宗的十七镇。除此之外，还有西南野战军在贵州收编的降军，如塔新策、吕三贵、谭诣等人，以及脱离庆阳王冯双礼主动率部前来贵阳接受改编的犹三品等原大西军。
安南方面还有远征军的三个镇，两广总督宋襄公手里也有两个镇的地方部队。军部现在总共批了37个镇的编制，按太平军的军制计算，则不计水师的话，太平军的陆师兵马已然超过三十五万。
事实上，这37个镇却有很大的水份在内，很多镇或多或少都存在报空额吃空饷的问题。
如朱统的第八镇、郭登第的第九镇、王兴的第十镇，这三个镇因为从组建之初就是带有“合作”盟友的意思，所以周士相不能直接插手这些镇的具体事务。而这些镇本身也都是由当时的各路抗清力量整合而成，有的镇里面单是永历封的公侯就有好几位。
用一盘散沙形容这些人再是恰当不过，为了团结他们，形成抗清的统一战线，周士相在肇庆时大笔一挥就给了他们几个镇的编制，并许诺将来打下来的地盘可以“瓜分”给他们，这才成功组织起西征。然而相比太平军的镇，这三个镇的实有兵员都不足定额的一半，导致一个侯爷在军中可能只是个带着几十个兵的总旗。
定武朝廷正式建立后，周士相已经着手整顿这些乌七八糟的爵爷，或是削爵，或是降爵，为此，使得那些当初的“盟友”对于越来越“跋扈”的周士相很是不满。若非他们的确没有实力起来闹事，只怕又是一场风波。
只是，紧张的形势和不断的战事让周士相腾不出手清理这些镇，且后来投降的清军和吴军越来越多，军部不但不能整顿各镇，反而还要不断的批出新镇的名额出去收买人心。如贵州那位李治亭一手黄金，一手满州贵妇，硬生生的瓦解了吴军在贵州的防线，拉来了几十个吴军将领，为了安置他们，达到千金买马骨的作用，以便在日后和吴三桂的战争中收到奇效，周士相也只能违心收编他们，给予他们编制。这样一来，就导致挂在军部的镇编多达37个，可实际上有一半都是凑数，没有什么战斗力，并且空额现象严重。
投降的将领为了从太平军这里多弄好处，往往手下只有几百人，他却敢报几倍，而为了安抚他们，稳住他们，从军团到军部，一层层都是睁一只眼闭一只眼，最终的结果就是养了一大帮废物，消耗本就不多的财政。
这种情况就如当年李自成进京一样，几万人的军队一路上却收编了几十万的明朝降军，滚雪球般的壮大，最后却瞬间坍塌。
周士相面临的情况就是从当初的“打江山”变成了现在如何“坐江山”。
整顿军队和清理朝堂，彻底清洗反对势力一样，成了周士相现在的当务之急。
打造“五大主力”是周士相整军计划的第一步。
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