左右丞相之下便是吏、户、礼、兵、刑、工六部尚书，每部尚书改为一员，每部侍郎改为六人，每部配属簿书、文吏、算官若干。
凡分受官员禀奏，吏部主管封赏之外，还要管各地官吏的任免、官吏的年绩核考、官吏升迁降职等事务。
户部主管圣库钱粮、人丁口数、农田数目、各军甲器、各种牲畜数目等，总之户部不仅承担了后世统计局的差事，还兼着后勤部和农业部的差事。本来萧云贵想要一次性把后勤部和农业部单独剥离出来，但左宗棠却说官面上不宜太过逾制，东王府也只有六部，要是单独再搞几部出来，岂不成了多部？是以在户部之下单独设了后勤司和农业司两个司部分管差事。
而西殿这次官制变动最引人注目的就是户部之下设立的兵甲司和后勤司，这两个司部承担的职责便是把各军统军将领手中的权力剥了过来，钱粮甲器一应军中所需今后由户部这两个司承担，就不再是一军将领掌控全军的钱粮甲器了。这也是西王早早的把防止手下将领坐大的手段使了出来，只要控制住一军的钱粮甲器命脉，再强的将领也不能掀起什么风浪来，这也意味着西王对西殿军队的控制更加严谨了。同时户部还加入了关税司，也就是负责关税收取，还兼着苏福一省的税收差事。
礼部承担的职司原本只是礼乐之事和科举之事，萧云贵还是在这部中加入了洋务司、劝学司两个新的司部。洋务司就是礼部负责处理和洋人各种事务的司部，其下分设美利坚股、法兰西股、英吉利股等，各自任命熟悉洋务的人担任股长。而劝学司却是萧云贵开启西学的一个重要标志，劝学之意就是要劝更多的百姓向学，这也和苏南新政非常重要的一个举措息息相关，那就是萧云贵打算在苏南以各大城市为基础，创办新式学堂和各种技工类学堂，培养自己的人才和熟练工人。
兵部还是掌管老职司，负责募兵、练兵，这部也加入了两个新的司部。一个是乡兵司负责统管苏福省各地的乡兵，其实也就是民兵武装部的味道。另一个是参谋司，也就是负责制定全军的战略统筹、战役计划制定和战局推演等职司。后来这两个司部中走出了许多太平军的名将来，因为讲武学堂毕业的优等生会直接进入这两个司部，历练几年后外放。
刑部除了掌管刑罚之外，萧云贵设立了监察司，主要就是负责监察百官的规行。同时刑部被剥夺了颁布刑法的权利，刑部今后就只管查案、审案、断案，苏福省所有的法令皆有西王令的形势直接颁布。刑部多出的一个司部是警察司，也不是萧云贵偷懒，而是警察这个词还是非常适用的，刑部掌管的警察司负责管理各地设立的警察所，就是负责维持地方治安。
工部的职司除了之前的兴修水利、修桥铺路、营造屋宇、宫殿、城垣之外，萧云贵新设了火器司、船舶司、机械司三个司部。火器司就是负责制造、研发各种火器、火炮、火药的司部，该司部早在西殿东征前就存在，当时的西殿典匠们都被集中到一起，专门修缮火器和配制火药，如今只是正式挂牌而已。船舶司的成立就有些仓促，虽然太平军水师不少，但造船的工匠还是很少，民间招募了不少造船匠加入，但他们的工艺还停留在木帆船的阶段。但萧云贵觉得这事要得一步一步来，先把架子搭起来，慢慢完善便了，稍后船舶司还会请洋技师加入，自然就会带动自己的造船水平。同时船舶司还要该管内河航运往来的各种船舶，也算是江海事局的前身。机械司负责的事也不少，从矿产勘探到开采、冶炼，以及各种机械的制造等等。但这个司部和船舶司一样，开始也只是个空架子。
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