尽管申时行深受万历帝的信任，又身居首辅之位，但他远不能达到张居正的影响，这从近来明廷两件事就能看出端倪。
张四维之父去世，他只得回家守丧。在其离开后不久，内阁中的其他两人吕调阳和马自强也相继病死，随后新进余有丁、许国、王锡爵和王家屏四人，申时行自然成了资历最老的一位阁臣。
许国、王锡爵的里籍与申时行都属南直隶，算是同乡，三人关系极为密切。而王锡爵在嘉靖四十一年（1562年）与申时行同榜登科，还有这样一层情分。
王锡爵能入阁得到了御史李植等人的力荐，他曾反对张居正“夺情”，因此有些名望。李植等人与申时行不合，推荐王锡爵入阁，原是为了削弱、牵制申时行的权力。谁知，王锡爵入阁后很快便与申时行抱成一团，成为其最亲密的盟友。剩下的余有丁和王家屏势单力孤，只能依附于申时行、许国、王锡爵三人。
张四维当首辅时，追随张居正的改革派便受到反对派的诬陷，申时行上台后，改革派立即对其竭力巴结。申时行不太赞同张四维“非黑即白”的做法，但当他掌权后，又不得不沿用张四维的路子走，企图居中调和，务为宽大，并起用稳重守成的官员，缓和朝中矛盾。这便是为何要称他是“裱糊匠”的原因。
申时行这种“两边讨好”的做法，引起了御史言官的不满。
御史、给事中等言官借着申时行广开言路的机会，纷纷指斥张居正秉政时，遏阻言路，历数其罪行。申时行作为张居正的“心腹”之一，自也被言官们含沙射影。
一向性格宽厚的申时行亦被这帮人惹毛，后来实在忍无可忍，遂与言官们公开交锋，想方设法贬黜那些攻击张居正进而涉及到他自己的人。
万历十二年（1584年），御史张文熙上疏，历数之前阁臣专恣自断的四种表现：各部各院都设《考成簿》，记录官吏功过，送内阁考察升降；吏部、兵部挂选官员，都得经内阁认同；督抚巡按办事，无不密谒内阁大臣请教；内阁首辅奉诏拟旨，独自行事。
申时行急忙上疏论争，对前三条，他认为是内阁的职权范围许可的，内阁中有徇私舞弊的可罢黜，但若因有一二个阁臣徇私舞弊就把内阁的职权削弱，未免因噎废食。对最后一条，他说内阁首辅奉诏拟旨，曾无专断之举，都同内阁其他大臣商议。万历帝觉得申时行讲得有理，遂绌张文熙之议不用。
这一次试探，并未使言官们就此罢休。
紧接着，御史丁此吕上疏揭发礼部侍郎高启愚主持南直隶乡试时，出题《舜亦以命禹》，是想劝进张居正当皇帝。万历帝将他的奏疏批示申时行处理。申时行言：“丁此吕以这种暖昧问题陷人于死罪，臣恐谗言接踵而至，不是清明的朝廷所应有的。“吏部尚书杨巍秉承申时行心意，建议将丁此吕贬出京师，万历帝采纳。
这一下惹怒了众言官，给事中、御史王士性、李植等纷纷上疏弹劾杨巍与申时行，蔽塞言路。万历帝又觉得言官们讲得有理，诏令罢免高启愚，丁此吕留任。
申时行见状，遂与杨巍一同上疏辞官。内阁大臣余有丁、许国上疏反对留任丁此吕，许国是申时行的好友，采取一致行动，也上疏辞官，向万历帝施压。于是，万历帝乃维持原来的判决，贬丁此吕出京。言官们群起攻击许国，申时行奏请按情节轻重惩治众言官。
言官们与阁臣由此愈发对立，有如水火。后来由“寿宫有石”之事，更是掀起了明廷的朝堂D争。
说回正题，申时行虽然支持拉拢宋洲，换得辽东的安定，但他也不敢冒这个险，让言官们找到攻讦自己的口实。
笼络提议，最后是由辽东巡抚提出，申时行只不过顺水推舟，将辽东巡抚的上疏送到了皇帝的案头。万历帝一看这封奏疏觉得大为可行，若每年只用几十万钱的“岁币”，换得辽东与西北一样太平，那不就省却了海量的边备开支。
万历帝可是个很会花钱的主。万历十年，弟弟潞王完婚，宫廷动用了各色金三千八百六十九两，青红宝石八千七百余颗，银十万两，珊瑚珍珠两万四千余颗。光边备军费就让万历帝挪用了九十多万两，整个京城的珠宝甚至一度都被皇室买空，时言：“京师虽百货所萃，此等珍奇与日用粟帛不同，即召商凑买，难以时刻取盈。”
见皇帝意动，申时行赶忙建言，可以先派人前往辽东与宋夷探探口风。
万历帝欣然接受了这个提议。
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五月初的东北大地已经回暖，亦河堡周围的村落，农人开始了春播。
明朝礼部官员郭怀安看着堡外阡陌纵横的农田，不由得失神。出边关一路行来，朝中诸公所称的“宋夷”治下，田地沟壑整治得井井有条，百姓安居乐业，少见有与明朝流民遍地的场景。宋洲人自称宋末汉人遗民，这一点如今看来，倒也所言非虚。
“郭大人，刚刚有宋洲兵差传话，说他们负责接洽的上官赶回了！”一随从跑来禀报，打断了郭怀安的思绪。
“回了便好，快命人为我更衣！”郭怀安催促道。
换上大明官服，郭怀安在宋洲接待人员的领路下，与蒋勇碰了面。
双方自报家门，郭怀安听对方是个武夫，心中有些轻视。
蒋勇随意抱了抱拳，示意对方落座，又命人准备茶水。
郭怀安对武夫的不通礼节，不以为意，坐下后，讲明了自己的来意。
能与明朝修好，安心清扫西面的鞑靼人，对宋洲有百利而无一害，中枢自然乐意见到。但谈判嘛，总得有商有量，能在明朝身上多捞一点好处，何乐而不为。不过，当蒋勇听到郭怀安报出的价码后，立刻大失所望，明朝还真把宋洲当做与鞑靼人一样的“叫花子”。
“贵使所言之事，我要回总督府商谈一番，才能给出答复！”蒋勇瞬间没了兴致，敷衍道。
郭怀安知自己报出的条件没让对方心动，随即凑近，压低声音道：“将军可知‘将在外，军令有所不受’的道理，如果将军能一言而决，我朝封将军为王，也未尝不可！”
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