最后，还有当地土人的袭扰。大员周围的几个原住民社与荷兰人的关系紧张。荷兰人和为他们服务的中国人不断的遭到了麻豆社、目加溜社的袭击，其中即有毫无意义的猎头杀，也有出于利益冲突。他的前任纳茨在激化和当地土人的关系方面做出了很大的“贡献”。荷兰人的安全地带只局限于大员周边不到几英里的地方。就在普特曼斯在上任前八天，五十多名荷兰士兵在被派遣出去讨伐中国海盗的途中遭到当地麻豆社的突袭，全军覆没。
类似，但是伤亡较小的事情在本地层出不穷。特别是土着对荷兰人和中国移民同样仇视，中国人在当地狩猎、开垦常常遭到当地土人的袭击。
打击海盗、镇压土人、设法拓展贸易，这就是摆在这位第五任荷兰联合东印度公司驻福尔摩沙行政长官面前的三大难题。
汉斯?普特曼斯军人出身，非常能干。他是1624年来到东印度担任低级商务员的，1626年升任商务员，在巴达维亚被当地土王围攻期间立下了很大的功勋。不到5年时间，就获得了东印度评议会成员的资格。
大约是出身军人的关系，汉斯?普特曼斯性格坚定果敢，热衷于使用武力。他上任伊始，就开始讨伐在当地出没的小股中国海盗，同时对态度敌视的当地土人进行不断的武力报复。同时，他还请求东印度评议会给他派遣1300名士兵和必要的武器，用来驱逐占据福尔摩沙北部的西班牙人，将他们的城堡划入公司的管辖范围之内――这个要求遭到了理所当然的拒绝。公司在东印度地区的军队规模从来就没有超过8000人。纵然一时间能够将西班牙驱逐，统治如此之大的范围势必会对公司产生极大的负担。要知道迄今为止，大员的贸易依然是亏损状态。在普特曼斯上任之初，大员的商馆一度四个月没有做成一笔海上贸易，内外交困，公司几乎要放弃此地――最终还是看重这是面对中国的贸易窗口，才勉强支撑了下来。
自从公司和澳洲人签署贸易协定之后，大员的地位下降的非常厉害。汉斯?普特曼斯从往来的信件中得知，公司从澳洲人控制下的临高、香港获得了大量的中国商品，并且十分难得的得使用货物，而不是白银来支付货款。
普特曼斯很清楚：要不是临高和香港的位置过于偏南，无法兼顾对日贸易，加之公司对郑芝龙公司很可能会放弃大员。
身为大员的行政长官，颇有抱负的普特曼斯当然不希望大员商馆在自己手中关门大吉。他一直梦想着能够打开和中国的直接贸易渠道。但是迄今为止他还没有成功过――郑芝龙的态度飘忽不定。大明的朝廷和官员又让人难以捉摸：他们对公司提出的任何建议和谈判的要求全部不做回应，用各种手段阻挠贸易，不管是请求。贿赂还是威胁都得不到任何的结果。中国商人要么不愿意进入大员贸易直接航向马尼拉，要么满口答应代购货物却席卷公司预付的定金逃之夭夭。
汉斯?普特曼斯得出了一个结论：要和中国人贸易，就必须使用武力。用武力征服中国沿海的某个港口，建立据点，然后通过不断的劫掠海上贸易来迫使中国的官府同意双方的贸易。他已经就这个方案专门撰写了报告，呈请巴达维亚的评议会讨论。
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