随着VOC在投降书上签字，一场波及了半个爪哇、苏门答腊和马来亚半岛的战事终于宣告结束。
对于已经占领的万丹苏丹国的土地，赵新并不打算还回去，因为统一整个西爪哇是他的既定目标。要知道中国古人对这种局面早就又过精辟的说明，那就是“卧榻之侧，岂容他人鼾睡”！
为了达到震慑其他苏丹国的目的，赵新大笔一挥，按照另一时空的行政区划，将整个万丹地区划分为北、南、中、西四个行政区，又将井里汶苏丹国统辖地区划分为两个区，全部纳入北海镇统治。
随后他又秘电何喜文，命他带兵进入西朗的索罗索旺宫，解散苏丹阿里尤丁一世的宫廷护卫，逼迫其退位，并派郑文显将其和全部家庭成员流放至西婆罗洲的戴燕，交给吴元盛看守。
于是曾经取代了巽他王国，统治区域横跨苏门答腊和西爪哇长达两百四十一年的万丹苏丹国迎来了最后一击。
光是灭了国还不成，宗教和经济手段也要跟上。为此，赵新让刚回到巴城的黄忠仝再次北上，前往广东和福建地区招募僧人，他要在万丹地区广开佛教道场；而经济就相对简单了，万丹的主要经济命脉就是胡椒，这事让巴城的华商群体负责就行。
亮出了獠牙的北海军让东南亚各地的土邦王公们心惊胆战，他们终于意识到，北海镇是一个比葡萄牙人和荷兰人还要恐怖的存在。于是苏门答腊的亚齐王国、马来半岛的柔佛王国、天猛公、中爪哇的莽古尼卡兰王国全都派出了自己的宰相，携带重礼来到巴城，请求获得北海镇的庇护，甚至成为附庸。
大批使者的到来，使得巴城内的两家旅馆住客爆满，大街上来来往往的人里，随处可见裹着头帕的各苏丹国使者，而那些穿着“纱笼”、戴着披肩头巾的秀丽爪哇女子则更是让不少人眼前一亮。
战事的结束也使得巴城的海贸迅速恢复，截止1793年8月中旬，便有十多艘商船陆续抵达巴城，带来了大量的丝绸、糖、茶叶和瓷器；商人们在将货物销售后，又疯狂的在市场上采购清凉油、风油精、胡椒、丁香、肉豆蔻、象牙、珊瑚和檀香等货物。
自1793年8月1日起，巴城的华人“公堂”改为“公共事务处”，隶属军管会，其原有的公共管理职能被全部拆分；民事和刑事裁定权归巴城警署和法院，税收权划归巴城税务总署，仅保留了婚姻及出生登记、道路桥梁公共工程、坟地分配等民政职能。另外所有人员均由军管会发薪水，并根据季度工作绩效发放奖金。至此，由荷兰人人创立并延续了174年的“甲必丹”制度走向终结。
实际上华人甲必丹的出现，是西方殖民者在自己与华人群体之间设立的缓冲区，并通过其对殖民地进行竭泽而渔的经济掠夺。甲必丹的主要责任就是直接与商业行为挂钩，通过包税制，为殖民地建立赖以生存的财政基础。
赵新取消了“甲必丹”制度，也就取消了“包税制”，同时还打破了东南亚地区以经济地位的高低去选择任命官员的标准。也正是从此开始，显赫的华商和大规模土地所有者失去了对城镇公共事务的垄断控制权，取而代之的则是农会、工会和商会。
这里先说一下农会。毕竟十八世纪无论是东南亚还是中原内陆，农业才是经济的主要构成。
在地方上建立农会并推行《农会法》，是赵新和陈青松等人酝酿了很多年的一件大事。考虑到爪哇岛在土地面积、华人数量、人员结构等方面存在诸多差异，巴城并没有完全照搬北海镇的《农会法》，而是在经过了长达两年的前期调查后，单独制定了一套与内陆地区完全不同的行政条令。赵新打算将来在北海镇所属的东南亚各地都采用这一制度。
简单来说，巴城农会在现阶段的主要目标就是推广新型作物和牲畜、经办农技和养殖技术推广、农畜产品供销以及强制农民储蓄等有关农业的一切事。农会在组织架构上采取三级制，以对应北海镇在东南亚的总督区、行署、乡村的三级行政体系，同时农会的法人由对应的北海镇行政主官兼任，由此便将北海镇的政府管理触角深入到了种植园和乡村。
在农会代表的选举上，首先是由各种植园单独召开农事小组会员大会，选举小组长副组长各一人及出席农会的会员代表，推荐理、监事候选人；再举行会员代表大会，选举理、监事；最后成立理、监事会，由理事会三分之二以上同意，从会员代表中选举总干事。
根据官方条例，只有直接从事农牧业生产的人才能成为农会会员。所有成员须缴纳入会费--10北海元，之后每年5元。掏不出这个钱的可以由军管会先行垫付，等获得收成后再行扣除。华人农民当然不想交，可问题是不交钱就进不了农会，不进农会就拿不到新作物种子，收获后农会也不负责购销。
为了解决农会在成立初期经费不足问题，赵新通过军管会一次调拨五十万北海元，在巴城成立了一家专为农会成员员服务的信用部，也就是专门为农民服务的金融部门。除了向农民提供借贷，用于购买种子、工具、化肥外，还提供了存款和代收税费的服务。
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